测序

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  • DNA-seq
    • 一代: 用ddNTP来终止DNA在每个核苷酸处的合成
      • 1978
      • Sanger seq能发明，多亏了两个技术
        • restriction endonuclease is invented/discovered
        • 聚丙烯酰胺凝胶电泳技术的发展使人们能够将大小仅差 1 个核昔酸的核酸片段分开
    • 二代：并行+dNTP+荧光
      • 2005
      • illumina占90%
      • 二代发明后，当年的人类基因组计划现在只需要1天、100美元。
    • 三代：针对单个DNA分子，而二代仍需要成千上万个分子
  • RNA-seq: 测mRNA的一维序列及其含量，间接测量较为常用。
  • protein-seq: 测protein的一维序列及其含量，间接测量较为常用。
  • CHIP-seq: a method used to analyze protein interactions with DNA. The method is used to find DNA motif of certain protein binding site.
  • ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing): determining chromatin accessibility across the genome
  • 其它
    • Bulk vs Single Cell: 2018年度技术
    • 空间转录组：以上+三维坐标
    • 以上通常分为上游分析和下游分析
      • 上游：从实验数据到基因表达矩阵
      • 下游：对基因表达矩阵进行各种分析
    • 基因表达矩阵
      • 一个轴为基因：ML里的feature
      • 一个轴为细胞：ML里的sample